Rios de águas pretas são usualmente associados às bacias que drenam solos extremamente arenosos, sendo o adequadamente nominado rio Negro o maior deles. Rios de águas pretas não são confinados à bacia amazônica, mas ocupam uma grande proporção nesta região. O Rio Negro é o sexto maior rio do mundo em termos de descarga anual; o segundo maior tributário do mundo e o maior rio de águas pretas do mundo. A região de águas pretas da bacia amazônica é centrada na região do rio Negro, mas se estende para oeste e leste e incluí inúmeros pequenos tributários cujas cabeceiras se elevam em áreas dominadas por solos arenosos. Pequenos rios de água preta e igarapés de florestas são encontrados em todos os países Amazônicos, mas o Brasil pode reivindicar o título de capital mundial das águas negras. As águas pretas são essencialmente um chá que é fermentado em áreas onde os compostos químicos das plantas não são completamente decompostos. Águas pretas são formadas em qualquer local onde a taxa de fixação de carbono (fotossíntese) e sua decomposição parcial de ácidos orgânicos solúveis exceda a taxa de decomposição completa de dióxido de carbono (oxidação). Este fenômeno pode acontecer em águas subterrâneas ou em igarapés, rios e lagos. Os processos físicos e biológicos que levam a formação das águas pretas são complexos e variáveis. A alta concentração de compostos orgânicos nos rios de águas pretas, os torna altamente ácidos com o pH variando de 3,8 a 5,4.