A Bacia Amazônica é a maior região selvagem do mundo, o lugar mais biodiverso da Terra onde residem centenas de grupos indígenas e outras culturas tradicionais. É também o maior sistema de água doce do mundo, sendo responsável por 15% da água doce descarregada nos oceanos globais – seis vezes mais água doce do que a contribuição do segundo sistema mais importante (o Rio Congo). A Amazônia hospeda mais de 2400 espécies de peixes em seus rios, uma diversidade maior do que qualquer outro rio do mundo e algumas destas espécies de peixes estão envolvidos nas mais longas migrações do mundo se deslocando por mais de 4000 km.

Ainda assim, quando as pessoas pensam na Amazônia, a imagem que vem à mente é de uma enorme floresta ameaçada pela colonização, estradas, fazendas de gado e plantações cuja perda e degradação têm conseqüências globais. Raramente uma pessoa que não vive na Amazônia visualiza este sistema desde a perspectiva da água que flui através de seus rios. A ciência, no entanto, tem demonstrado recentemente que as florestas alagáveis, os rios, lagos e outras paisagens aquáticas cobrem uma vasta área de 14% da Bacia Amazônica. Estes ecossistemas aquáticos são parte integrante da vida na Amazônia, críticos não somente para a biodiversidade, mas também por sustentar pescarias, o suprimento de água doméstica, providenciando uma ampla rede de transporte e outros recursos aquáticos para 30 milhões de pessoas que residem na região, incluindo 1.4 milhões de indígenas.

Os atuais esforços de conservação na Bacia Amazônica têm sido amplamente focados em criar e fortalecer o manejo de áreas protegidas e territórios indígenas. Meio século de tais esforços têm sido vitais para assegurar a proteção de paisagens florestadas e providenciar o acesso aos recursos naturais para as populações tradicionais, mas pouco tem contribuído para proteger os sistemas aquáticos da Bacia, providenciar a sustentabilidade em longo prazo para o uso de seus recursos naturais e assegurar a conectividade na escala da bacia.

A integridade dos ecossistemas aquáticos altamente produtivos e inestimáveis da Amazônia esta ameaçada por três razões primárias e o ritmo e escala destas ameaças requerem ações urgentes e imediatas enquanto ainda há tempo.

Atividade pesqueira não manejada. A atividade pesqueira na Bacia Amazônica é altamente produtiva, mas não é manejada na escala apropriada. A maior parte (80%) do pescado na Amazônia é representada por espécies de peixes migratórios cuja história de vida passa por várias sub-bacias e países e, em alguns casos, espécies de peixes migram do estuário do Rio Amazonas até suas cabeceiras nos Andes a mais de 4000 km rio acima. Ainda não existe nenhum sistema de manejo que opere na escala da bacia, e o comércio e pesca de subsistência insustentáveis são a norma, ameaçando uma das mais importantes fontes de proteínas na Amazônia.

Infraestrutura. Os impactos das obras de infraestrutura existentes e planejadas como hidrelétricas, estradas, hidrovias, mineração e extração de petróleo e gás são pouco entendidos. Se não forem mitigados corre-se o risco de que estes impactos afetem a qualidade e quantidade da água, nutrientes e ciclos de sedimentação e até mesmo afetar o regime anual de inundação sobre vastas regiões com conseqüências imprevisíveis. Os fluxos de alagamento nos rios Amazônicos são essenciais para a produtividade das florestas alagadas e para os peixes e outros organismos que se alimentam durante o período de cheia. O regime de águas é também essencial para a produção de frutos, agricultura de várzea, transporte por rios e assentamento humano.

Mudança climática. Mudança no clima já está acontecendo e continuará a afetar o ciclo anual de alagamento na Bacia Amazônica. Modelos de mudança climática indicam que disrupções levarão a grandes alterações nas paisagens aquáticas – incluindo as florestas alagáveis – e sua biodiversidade incluindo os peixes da qual atividade pesqueira e a segurança alimentar dependem. Estas alterações irão aumentar os riscos bem conhecidos do desmatamento e das alterações na cobertura do solo. Juntos com as obras de infraestrutura, estes impactos resultantes da alteração climática provavelmente irão ampliar os pulsos de alagamento a extremos menos previsíveis (e. g. seca ou cheia recordes). Ao menos meio milhão de pessoas residem nas proximidades de paisagens aquáticas e podem ser diretamente afetadas por estas alterações hídricas drásticas. Além disso, os milhões de pessoas que residem em áreas urbanas e cuja subsistência depende de modo indireto do sistema de grandes rios também serão afetados.