As paisagens estuarinas do rio Amazonas incluem águas abertas, florestas, bancos de areia e lama e brejos. O estuário e a região costeira da Amazônia, onde a água doce e salobra domina, possuem grandes extensões de florestas alagáveis. Uma vez que a maior parte desta região é banhada por água doce, a maioria das florestas estuarinas possui as mesmas espécies de árvores encontradas rio acima nas florestas sazonalmente alagáveis. Os manguezais são mais abundantes nos locais onde a água salobra domina o ambiente em alguns meses do ano. Também existem zonas de transição onde os as espécies de plantas dos manguezais e das florestas estuarinas se misturam. As florestas da região costeira da Amazônia são alagadas pelas marés duas vezes ao dia. As marés de sizigia ocorrem duas vezes ao mês ao redor da lua nova e cheia e resultam num grande alagamento das ilhas. Grande parte da gigantesca Ilha de Marajó, especialmente em sua metade oeste, também é inundada pelas marés. Florestas estuarinas dominadas por palmeiras ocorrem mais internamente, fora do alcance da água salobra, e são comuns nas ilhas próximas a Belém, ao longo do baixo Tocantins e em alguns arquipélagos próximos da Ilhas de Marajó. Manguezais são mais abundantes ao longo da costa do Amapá e da ampla boca da Baía do Marajó para o leste até o litoral do Maranhão.
No estuário, os bancos de lama são hábitats importantes pelo enorme volume de sedimentos carreados pelo rio Amazonas e depositados na região estuarina devido ao efeito contra-corrente do Oceano Atlântico. Muitos destes bancos de lama são colonizados por uma espécie de planta de folhas enormes do gênero Montrichardia conhecida no Brasil como anhinga. Os bancos de lama providenciam habitats para muitas espécies de animais aquáticos e semi-aquáticos, incluindo numerosas espécies de aves como o espetacular guará (Eudocimus ruber). Apesar da maior parte da linha costeira do estuário Amazônico ser coberto por lama, existem também praias arenosas, especialmente na Baía de Marajó. As águas claras do rio Tocatins fluem para o rio Pará que por sua vez entra na Baía de Marajó. Ao longo deste trajeto, os sedimentos compostos por areias finas são transportados e depositados nas praias que não são cobertas por barro. Nesta região estuarina também são encontrados grandes depósitos de argila, exploradas para a produção de tijolos e de utensílios da famosa cerâmica marajoara. Dunas de areia são encontradas ao norte da Ilha de Marajó e sua origem parece ser as areias carreadas pelas Correntes de Vento do Sul Equatorial vindas do nordeste da área fora da Baia de Marajó. Formações rochosas de várias extensões são encontradas ao longo da costa da Baía de Marajó, especialmente ao longo da própria Ilha de Marajó. Estas rochas são denominadas localmente de canga e são derivadas de laterita, solos ricos em ferro e alumínio.