Água, uma enorme quantidade de água, torna a Amazônia o que ela é – a maior floresta tropical e o maior sistema hidrográfico do mundo. Das altas montanhas nevadas dos Andes até o vasto estuário, as águas do Amazonas percorrem mais de 5.000 km passando por vários tipos de paisagens aquáticas que sustentam a mais rica biodiversidade aquática do planeta. Esta riqueza biológica é também fundamental para o bem-estar das populações humanas que vivem na região.
A Bacia Amazônica também oferece recursos naturais de grande valor econômico que vão para além das necessidades locais. Os Andes a oeste, e os antigos escudos do leste da bacia tem alto potencial para o desenvolvimento de grandes projetos hidroelétricos e, ambas regiões são ricas em recursos minerais. Inovações tecnológicas permitiram o desenvolvimento da agricultura em larga escala nos solos tropicais de baixa fertilidade e a agricultura industrial está se expandindo rapidamente ao longo da rede de estradas e rodovias que cruzam a Bacia Amazônica. A Aliança Águas Amazônicas apresenta a Bacia Amazônica com ecossistemas terrestres e aquáticos interligados, onde não somente as florestas tropicais são importantes para a biodiversidade e serviços ecossistêmicos, como o de estocar carbono, mas também seus enormes corpos de água, paisagens aquáticas e bacias que adicionam uma nova dimensão necessária para a conservação adequada da região. De modo a entender a conectividade deste vasto, interligado e dinâmico sistema de água doce é necessário construir um marco científico para dar suporte aos investimentos no desenvolvimento e na conservação, simultaneamente.