O mundo herbáceo
Pântanos ou charcos são paisagens aquáticas compostas por vegetação herbácea aquática, flutuante ou enraizada, ainda que algumas árvores e arbustos estejam presentes em número reduzido. Estes ambientes são denominados de “pântano” ou “marisma” em espanhol ou “marshes” em inglês, apesar desses termos não serem comumente aplicados na Amazônia. Pântanos são mais difíceis de se distinguir como comunidades de plantas uma vez que eles freqüentemente se desenvolvem de modo interligado com as florestas que crescem ao longo dos rios ou lagos. Ainda assim, a presença desses hábitats pode ser detectada em imagens de satélite e grandes áreas pantanosas podem ser quantificadas durante os períodos de águas altas ou baixas. Para propostas de manejo, os pântanos provavelmente devem ser manejados junto às florestas alagáveis por causa de sua proximidade.
Na Amazônia, os pântanos são mais comuns nas planícies alagadas por rios de águas barrentas onde a quantidade de nutrientes é suficiente para suportar grandes quantidades de plantas herbáceas flutuantes ou enraizadas. Entretanto, eles também são comuns em áreas de savana que são inundadas pelas chuvas locais, onde os nutrientes dos solos não aluviais são suficientes para sustentar a comunidade de plantas. Alguns rios de águas pretas ou claras também suportam pântanos que, nestes casos, são menos desenvolvidos e produtivos do que os encontrados nos rios de água barrenta. Durante a enchente dos rios de aguas brancas algumas espécies de capins nos pântanos podem crescer de 20 a 30 cm por dia de modo a acompanhar a subida das águas. Quando alcançam 4-6 metros as gramíneas se desprendem do solo e começam a flutuar. Durante a vazante, os pântanos reduzem bastante e ainda muita vegetação herbácea sobrevive a esta fase seca por estarem enraizadas no solo. A vegetação flutuante encontrada nos pântanos de rios de águas barrentas está entre os habitats aquáticos mais produtivos da bacia amazônica. Também são biologicamente importantes para muitas espécies de animais invertebrados e vertebrados, funcionando, por exemplo, como berçários de várias espécies de peixes migratórios.
Nos locais com desmatamento das florestas alagáveis, as condições de luz favorecem a expansão da comunidade de plantas herbácea. Isto é especialmente evidente nas planícies aluviais do rio Amazonas a partir de sua confluência com o rio Negro, mas provavelmente ocorre também no que é atualmente reconhecido como savanas no leste da Bolívia.
Extensivas áreas de pântanos ocorrem também nas savanas inundadas durante a estação das chuvas. Embora sejam dominadas por vegetação herbácea, quase sempre surgem arbustos e árvores espalhadas pela paisagem, especialmente ao longo de igarapés. Savanas são alagadas principalmente pela água das chuvas. As mais notáveis áreas de savanas da Amazônia são as encontradas nos Llanos de Mojos, no leste da Bolívia, a Ilha do Bananal, entre os rios Tocantins e Araguaia, e as savanas de Lavrado de Roraima, na bacia do rio Branco.