A região pesqueira do Baixo Amazonas se estende da foz do rio Madeira à foz do rio Xingu e inclui os cursos inferiores dos rios Tapajós, Trombetas, Xingu, Jari e de vários outros rios menores. O rio Amazonas é largo nesta região e margeado por lagos de várzea de grandes dimensões. A variação anual do nível do rio é de aproximadamente 7 metros.
Existem dados de pesca disponíveis para sete cidades do Baixo Amazonas. Santarém e Óbidos são os portos de pesca mais importantes da região e abrigam portos públicos e privados que recebem anualmente cerca de 6.000 tons de peixe, ou 80% do potencial de produção da região. Santarém, cuja população é maior que 200.000 pessoas, é a maior e mais importante cidade em termos econômicos. Santarém é a única cidade do baixo Amazonas abastecida com energia hidrelétrica, da represa de Curuá-Una, o que favoreceu o estabelecimento de frigoríficos e fábricas de gelo neste local. O potencial de captura total de peixes de Santarém representa mais da metade do potencial do Baixo Amazonas. A frota pesqueira de Santarém é composta por barcos locais e de de cidades vizinhas, que vendem o pescado para mercados públicos e frigoríficos.
Óbidos é uma cidade pequena com uma população de cerca de 47.000 habitantes. Está localizada em frente a um dos mais antigos pesqueiros reais, o do Lago Grande de Vila Franca ou Curaí, e também fica próxima a parte mais estreita do rio Amazonas. A situação geográfica de Óbidos é altamente favorável para pescarias, um fator que levou à construção de frigoríficos na cidade nos anos 70. Óbidos recebe aproximadamente um quarto do potencial total da captura do Baixo Amazonas.
Monte Alegre e Oriximiná estão situadas na margem norte do rio Amazonas e são a segunda e terceira maiores cidades do Baixo Amazonas, com uma população de 61.000 e 48.000 pessoas respectivamente. Essas cidades também estão localizadas próximas a grandes lagos de várzea, como o Lago Grande de Monte Alegre e o Lago Sapucuá. O Lago Grande de Monte Alegre também é explotado por frotas pesqueiras da região do estuário. Mapará (Hypophthalmus) é a principal espécie explotada por pescadores de fora da região, cuja atividade já entrou em conflito com os pescadores locais. O IBAMA dividiu o lago entre pescadores locais e os de fora numa tentativa de diminuir esses conflitos.
Os potenciais de captura de Monte Alegre e Oriximiná representam cerca de 10% e 5% do potencial do Baixo Amazonas, respectivamente. Alenquer, Almeirim e Prainha são pequenas cidades com população entre 25.000 a 50.000 habitantes e juntas representam menos que 10% do potencial de produção da região. As capturas de peixes no Baixo Amazonas são divididas igualmente entre os canais de rios e os lagos de várzea. As redes de emalhar são os apetrechos mais importantes utilizados nesta região. Uma grande variedade de espécies é explotada, porém 17 são responsáveis por 90% da captura total. Mapará e dourada representam um terço da captura total do Baixo Amazonas e as duas espécies são importantes para os frigoríficos. O mapará é capturado principalmente nos lagos de várzeas, ao passo que a dourada é capturada quase que exclusivamente no canal do rio Amazonas. A captura anual do mapará em Santarém nos anos de 1992 a 2003 foi relativamente estável, oscilando entre 400 e 900 tons. As capturas anuais de dourada no Baixo Amazonas no mesmo período variaram de 100 a mais de 1.000 tons.